O gaussian foi compilado com o compilador Intel, e em alguns casos, não termina a execução dos cálculos.
Entramos em contato com o suporte gaussian, que nos informou que eles não dão suporte ao compilador Intel, apenas para o compilador Portland.
Como não temos o compilador Portland, e rodar em 1 CPU resolveu o problema para usuários que não tinham seus cálculos terminados, passamos esta sugestão para todos que tem este problema:

Alterar a primeira linha do arquivo de entrada para:

• %nprocshared=1

e, no job, solicitar 1 CPU na linha:

• #PBS -l nodes=1:ppn=1